Jest to standardowa praktyka w (teraz już) wszystkich systemach operacyjnych, która oprócz "obchodzenia problemów" z prawami dostępu pozwala np. programom na oddzielanie opcji konfiguracyjnych właściwych poszczególnym użytkownikom.
Melduję, że Arch Linux się broni. ;)
Za to trzymanie configu w folderze użytkownika, a nie instalacji programu jest dość oczywiste...
Tzn. może powszechność Windowsów bez kontroli uprawnień (włącznie z XP, gdzie większość użytkowników na co dzień siedziała na koncie admina) nieco rozleniwiły programistów, więc programy zapisywały konfigurację "robiąc pod siebie" - w program files. ;_;
Bo to wszystko jest hack wokół braku systemowego mechanizmu uaktualnień dla 3rd party aplikacji :)
Powiedziałbym, że to problem z brakiem całego mechanizmu zarządzania instalacją, zależnościami, aktualizacją i usuwaniem programów, czyli managera paczek...